五军都督府所属卫所既有在京的也有在外各省的，其中左军都督府在京管辖：留守左卫、镇南卫、骁骑右卫、龙虎卫、沈阳左卫、沈阳右卫六卫。在外下辖浙江都司十六卫、三十八个千户所；辽东都司二十五卫、十八个千户所；山东都司十九卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
右军都督府在京管辖留守右卫、虎贲右卫、武德卫三卫。在外下辖直隶都司一卫，陕西都司二十八卫、十六个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。陕西十二卫、三个千户所。四川都司十一卫、十个千户所，二个仪卫司、一个群牧所。广西都司十卫、二十三个千户所、一个仪卫司。云南都司二十卫、二十个千户所。贵州都司十七卫、十二个千户所。
中军都督府在京下辖四卫，在外下辖直隶都司二十六卫、十六个千户所、中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南都司十二卫、六个千户所、七个仪卫司、四个群牧所。
前军都督府在京下辖三卫。在外下辖直隶一卫，湖广都司二十七卫、三十三个千户所、四个仪卫司、三个群牧所。湖广七卫、九个千户所、三个仪卫司。福建都司十六卫、二十个千户所。江西都司四卫、十一个千户所、三个仪卫司、二个群牧所。广东都司十五卫、五十一个千户所。
后军都督府在京下辖二十卫。在外知直隶三十四卫、十二个千户所。河北都司二十三卫、八个千户所。山西都司九卫、九个千户所、三个仪卫司、三个群牧所。
如今经过正统十四年的土木堡之战以及后来的京师保卫战之后，大明的军队损失惨重，且大多数都被抽调聚集北京，参与京师保卫战。地方卫所除了边防重镇以及要害区域外，大部分卫所都已经能所剩兵员不多了。
而之后的军事改革，则是直接将两京，既大明京师北京以及旧都南京的所有侍卫亲军全部裁撤干净，包括南京北京35卫，亲军都护府12卫包括锦衣卫以及京师三大营在内一个不留。
各地都司23个，所辖卫所347个也在这一次的新军移镇中有很多被直接取消，其中就包括由原左军都督府管辖的浙江都司的几个卫所，山东都司三个卫所。原右军都督府管辖的陕西都司，四川都司以及广西都司的几个卫所。原中军都督府管辖的直隶都司，中都（凤阳）七卫、一个千户所。河南都司等卫所。
前前军都督府外辖的直隶一卫，湖广都司，福建都司。江西都司四卫，广东都司等若干个卫所；以及前后军都督府外辖的直隶三十四卫、十二个千户所。河北都司，陕西都司等共计裁撤卫所近60个，裁撤兵员大约在三十四万左右。
另外其他都司下辖三百八十四个卫所，实际皆为少数民族的土官卫，同样在云南、四川、贵州和甘肃也有为数众多的土官卫所，但并不属于大明的正规卫军。也不是朱祁钰第一步裁撤控制的目的，便没有将他们计算在内。
随着新军的移镇，具有大名军事特色的卫所制度也随着卫所的撤销而不复存在，一直被军籍套牢的卫所军户终于可以就地为民，不在成为世代为军的军籍。对于大部分的卫所军户来说这都是天大的好消息。
新军所到之处，卫所士兵就地全部接粗武装，让后开始向京师急行军。而随着镇国军的到来，卫所士兵的里去，卫所改制，卫所军户该农户没有丝毫阻力的完成，顺利程度超乎想象。政事堂派遣户部全程跟进，全权负责卫所的土堆，人口等登记改革事宜。同时，廉政署负责监督。
一场浩浩荡荡的人口户籍改革和土地改革蓦然开始，声势浩大，牵连甚广，涉及范围更大。但是因为这背后是二十万训练的新军，又有政事堂，军委会，廉政院甚至是皇上都在后面看着，没有人敢使绊子动歪心眼，也没有人敢贪墨和暗自吞没。
四月十日，在镇国军移镇的同时，从石亨外，由新授衔的十位上将军组成的大明第一次中央军事巡视组也随同镇国军一起分由十个方向开始第一次全国巡视。他们主要巡视全国所有军事重镇，边关要塞，以及卫所等。在视察军务和军队生活条件的同时，为镇国军移镇替换卫所做后盾。
同时，考察各地军镇卫所将领，适当的拉出来一些罪孽深重的用来基旗，起到杀鸡儆猴的作用，推进镇国军移镇接防的步伐。也是为了考察建立十个大型军事物资储备仓库的所在地，以及以及日后军队移镇的各处常驻驻点。
京师外南北大营已经失去了之前存在的重要性，第一师以及驻防京师的其他军队都是另行建造的营区。而今的京师南北大营它们的主要功能则是作为训练继续基地，以训练，挑选士卒为主，为军队和警察部队培养人才。
北大营作为镇国军的摇篮，依旧由无崖作为总教官全权负责。而南大营则是由无天负责。
空了的南北大营随着镇国军、镇守军以及警察部队的移镇各地，又将陆续迎来一批批新的士卒并将，他们都将在南北大营经过筛选，训练，最终成军，然后又输入到各个军队中去。日后，每年一度的招募新军的训练也将集中在京师南北大营之中进行，经过训练，初步掌握了军队的基本礼仪制度后，方才会放入军队，进行下一步的训练，直至成