魏忠贤秉笔批红，掌握朝政，从首辅至百僚，都由他任意升迁削夺；他握有军权，可随意任免督、抚大臣；他也握有经济大权，派亲信太监总督京师和通州仓库，提督漕运河道，派税监四出搜括民财。“内外大权一归忠贤”。
魏忠贤出门的车仗，形同皇帝，所过之处，士大夫都跪在道旁高呼九千岁。阉党和无耻官吏还竞相在各地为他修建生祠，一祠耗银数万乃至数十万两，祠成后，地方官要春秋祭享，官、民入祠不拜者论死。魏忠贤专权时，厂卫特务更是空前嚣张。
熹宗天启三年1623年，魏忠贤便自任东厂提督；锦衣卫的都督则是他的干儿子田尔耕。厂卫勾结，大兴冤狱，残害异己官吏，勒索钱财，暴虐百姓。“民间偶语，或触忠贤，辄被擒僇，甚至剥皮、刲舌，所杀不可胜数，道路以目”。
一次，京城四个平民在密室夜饮，一人酒酣耳热，大骂魏忠贤，其余三人不敢出声。骂者话音未了，突有隶役数人冲入，捉四人面见魏忠贤，魏下令将骂人者当场剥皮，另三人赏钱放回。生还者吓得魂飞魄散，险成疯疾。魏忠贤肆虐专政七年，使明末各种社会矛盾更加激化，加速了明王朝的崩溃。
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”。东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
除此以外，设掌班、领班、司房四十多人，由锦衣卫拨给，分为子丑寅卯十二颗，颗管事戴圆帽，着皂靴，穿褐衫。其余的人靴帽相同，但穿直身。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小绦。役长各统帅番役数名，番役又叫“番子”，又叫“干事”，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。
东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制订了相当严密的制度。如每月初一东厂都要集中布置当月的侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。
东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记”，在各处地方官府访缉者名为“坐记”，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件”。
明代大太监王振、刘瑾、冯保、魏忠贤都曾统领东厂。
东厂的职能是“访谋逆妖言大奸恶等，与锦衣卫均权势”。一人掌理，委以缉访刺探的大权。起初东厂只负责侦缉、抓人，并没有审讯犯人的权利，抓住的嫌疑犯要交给锦衣卫北镇抚司审理；但到了明末，东厂也有了自己的监狱。
东厂监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。
依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，不经司法审判，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。
东厂入内即摆设大幅岳飞画像，提醒东厂缇骑办案毋枉毋纵。
东厂的侦缉范围非常广，朝廷会审大案、锦衣卫北镇抚司拷问重犯，东厂都要派人听审。朝廷的各个衙门都有东厂人员坐班，监视官员们的一举一动。
东厂建立初期客观上有反腐败的效果，极大的加强了皇权。但东厂更产生了极为恶劣的历史影响。
越过正常的官僚机构，进行特务活动，存在大量阴暗面，人为制造了大量的冤假错案。为宦官专权提供了条件，但在明朝，宦官只是皇帝权力的延伸。
由于东厂镇压的手段极其残酷，且有因向独裁者邀功或其私利而为之，所以容易制造大量的冤假错案，以致于东厂在明代社会上的口碑极差。
东厂、西厂和锦衣卫是明代在刑部、都察院、大理寺这三个司法机关以外设置的直接听命于皇帝，执掌“诏狱”的特务机构。
锦衣卫是皇帝的侍卫机构。前身为太祖朱元璋时所设御用拱卫司。明洪武二年1369年改设大内亲军都督府，十五年设锦衣卫，作为皇帝侍卫的军事机构。
西厂在明朝历史上只短期存在过，明宪宗成化年间成立了一个新的内廷机构——西厂。其势力甚至超过了老前辈东厂。
不过西厂仅仅成立5个月就被撤销，只相隔一个月宪宗又恢复西厂。明武宗继位后，大太监刘瑾掌权，宦官势力再度兴起，西厂复开。刘瑾倒台，武宗才下令撤销西厂。西厂作为一个临时产品，就这样在历史上永远地消失了。
锦衣卫的首领称为指挥使或指挥同知、指挥佥事，一般由皇帝的亲信武将担任，很少由太监担任，属于外臣。而东厂的首领是宦官，即内臣。